На основании соглашения № 2 между Министерством здравоохранения, мэрией Бишкека и Бишкекским городским кенешем от 17 марта 2004 года на базе Бишкекской городской клинической больницы скорой медицинской помощи совместным постановлением мэрии и БГК создан Бишкекский научно-исследовательский центр травматологии и ортопедии при мэрии Бишкека. Тогда же директором назначен Жумабеков Сабырбек.

В 2017 году между министерством здравоохранения и мэрией Бишкека подписано соглашение о сотрудничестве в сфере здравоохранения. Согласно документу, единоличным учредителем ряда столичных объектов здравоохранения, в том числе БНИЦТиО, определено Министерство здравоохранения.

Согласно документу, в ведение Минздрава были переданы организации здравоохранения города Бишкек. Однако, реализация данного соглашения не была осуществлена в полной мере. На сегодняшний день, муниципалитетом проводится работа по исполнению в установленном законодательством порядке вышеуказанного соглашения от 2017 года.

Статья 19 Закона КР "Об организациях здравоохранения в Кыргызской Республике" регулирование, координация, а также контроль медицинской деятельности организаций здравоохранения независимо от их ведомственной подчиненности и форм собственности осуществляются уполномоченным государственным органом КР в области здравоохранения. Таким образом, организация медицинской деятельности и оказание медико-санитарной помощи относится к компетенции Министерства здравоохранения.